Kleine Schiffe und Binnenschiffe können Straßen entlasten, die Lärm- und Staubbelastung verringern und gleichzeitig mit Batterien oder anderen kohlenstofffreien Brennstoffen betrieben werden. Durch die Automatisierung von Häfen und Terminals und deren Nutzung zur Integration größerer Langstrecken-Schiffsoperationen mit neuen und kleineren Schiffstypen kann ein völlig neues europäisches Transportsystem entwickelt werden. Flexiblerer und nutzerzentrierter Verkehr, bessere Dienstleistungen für ländliche wie städtische Gebiete und eine Revitalisierung der regionalen Häfen und Stadtterminals ist das Ziel. Die Anwendungsfälle von AEGIS befinden sich in Nordeuropa und stellen typische Kurzstreckenseetransporte dar, die an lokale Verteilungssysteme angebunden werden müssen. Fall A wird von North Sea Container Lines in Zusammenarbeit mit dem Hafen von Trondheim geleitet. Es sollen kleine Frachtshuttles eingesetzt werden, um Küsten-Containerschiffe mit ländlichen und städtischen Zielorten zu verbinden. Fall B wird von DFDS geleitet und verbindet den RORO-Kurzstreckenseeverkehr mit den Binnenwasserstraßen. Fall C wird vom Hafen von Aalborg in Zusammenarbeit mit dem Hafen von Vordingborg geleitet und untersucht, wie bestehende Häfen die Automatisierung nutzen können, um den Umschlag der Fracht von Lastwagen auf See zu erleichtern. 

Terminals für den Kurzstreckenseeverkehr: 

Transport von großen Häfen in Europa (z.B. Rotterdam) zu kleineren Bestimmungsorten entlang der weniger bevölkerten Küsten Europas. Hierbei handelt es sich um ein LOLO- und hauptsächlich containergestütztes Transportsystem. Die Idee besteht darin, weniger Terminals näher an der Hauptfahrrinne zu nutzen, um die Geschwindigkeit des Hauptdienstes zu erhöhen, und dann die Ladung mit kleinen unbemannten und vorzugsweise autonomen und elektrischen Schiffen zum Endziel zu pendeln, um die Flexibilität zu erhöhen. 

Schnittstelle zwischen Kurzstreckenseeverkehr und Binnenschifffahrt in Belgien und den Niederlanden: 

Schnittstelle zwischen RORO-Verkehr von mehreren nordeuropäischen Häfen nach Rotterdam, Gent und Zeebrügge und weiter mit Wasserstraßenverbindungen zu kleineren Bestimmungsorten im Binnenland in Flandern. Die Idee besteht darin, die Ladung mit kleineren, emissionsfreien Schiffen so nahe wie möglich an den Endbestimmungsort (Endauslieferung) zu bringen, wobei die Vorteile einer stärkeren Automatisierung in den entwickelten Konzepten genutzt werden sollen. 

Revitalisierung von regionalen Häfen und Terminals im Stadtzentrum: 

Aufgrund der Immobilienentwicklung am Wasser sind die dänischen KMU-Häfen in Aalborg und Vordingborg aus den Stadtzentren abgewandert, befinden sich aber immer noch in guter Lage. Um mit dem Straßentransport konkurrenzfähig zu sein, müssen sie die Effizienz ihrer Terminals steigern, um Kosten zu senken und eine höhere Frequenz durch Zubringer zu sichern, im RoRo-Segment wettbewerbsfähig sein und multimodale grüne Logistiklösungen anbieten, die den Kurzstreckenseeverkehr mit dem Schienentransport kombinieren.